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全身性真菌病是由环境中存在的真菌引发的感染：真菌经单一侵入门户进入宿主体内，并扩散至全身多器官系统。土壤是绝大多数感染的主要传染源，动物可通过吸入、食入或外伤植入真菌菌体而患病。部分真菌广泛分布于世界各地，另一些则具有明显地域局限性。所有全身性真菌病均需长期给药治疗。
致病性真菌可侵袭外观健康的宿主，组织胞浆菌病、球孢子菌病、芽生菌病、隐球菌病均归为原发性全身性真菌病。条件致病性真菌更易感染免疫抑制宿主，但动物感染并非必须存在免疫抑制基础。长期使用抗菌药物或免疫抑制剂，会大幅提升条件致病真菌的感染风险，可引发曲霉病、念珠菌病，病变可为局灶性或全身性。
临床症状、大体病变与血清学检查常可提示全身性真菌病；但确诊需依靠显微镜镜检、真菌分离培养或聚合酶链式反应 (PCR) 检测。对渗出物、活检组织进行镜检，检出真菌并观察组织炎性反应，即可确诊组织胞浆菌病、隐球菌病、芽生菌病、球孢子菌病、孢子丝菌病。而念珠菌病、曲霉病、暗色丝孢霉病、透明丝孢霉病、卵菌病（包括腐霉病、链壶菌病）仅靠镜检无法确诊，需结合其他检测手段。
部分真菌既是正常菌群，也易造成培养污染；因此仅培养分离出真菌不足以判定致病，必须证实真菌侵入组织并引发炎性反应，才有临床诊断意义。血清学检测可辅助部分真菌病的诊断与预后判断，如球孢子菌病、腐霉病、链壶菌病。抗原滴度检测对隐球菌病、组织胞浆菌病、芽生菌病诊断价值较高。
治疗方案详见下文各全身性真菌病分述，以及皮肤系统药物治疗章节。
