多种多样的固有共生生物群（包括多杀性巴氏杆菌、支气管败血波氏杆菌、链球菌、葡萄球菌、假单胞菌和大肠菌群细菌）通常定植于犬猫的鼻道、鼻咽和气管上部，并至少间歇性地存在于肺部，且不引起临床症状。当呼吸道防御机制因原发性病原体感染（例如犬的犬瘟热、副流感病毒或 2 型犬腺病毒，以及猫的鼻气管炎病毒或杯状病毒）受损，或受到其他损伤（例如吸入烟雾或有害气体），或患有充血性心力衰竭和肺部肿瘤等疾病时，可能会发生由这些细菌引起的机会性感染。
继发性细菌感染会使犬猫病毒性呼吸道感染的治疗复杂化。病原体可能继续存在于康复期动物的呼吸道中。当受到应激时，这些动物的病情可能会复发；它们也可能成为其他动物的感染源。不良的管理做法（例如过度拥挤）通常与恶劣的卫生和环境条件有关，由此产生的应激会增加感染的发生率和严重程度。有利于感染传播的条件常出现在猫舍、犬舍、宠物店、寄养设施和动物收容所中。
先天性异常，如鼻孔狭窄、软腭过长、鼻咽甲和气管狭窄，可导致呼吸功能障碍。肿瘤性肿块、气道退行性变和气管塌陷可导致呼吸困难及呼吸系统疾病的其他临床表现。
犬气管塌陷（气管软化、塌陷性气管）的内镜图像。
图片由安大略兽医学院提供。
气管塌陷在玩具犬和小型犬品种中最为常见。约克夏梗占报告病例的 1/2 至 2/3；这种情况在猫以及大型或巨型犬品种中罕见。气管塌陷的特征是软骨环变弱，气管背腹侧变扁，从而限制气流。其病因是多因素的。
患病动物表现为无痰性、鸣叫样慢性咳嗽和吸气努力增加（胸外气管塌陷时），或呼气努力增加（胸内气管塌陷时）。胸部 X 线片可能显示塌陷的迹象。透视检查是一种确定塌陷位置并判断塌陷是否为动态的非侵入性方法。如果存在继发性细菌感染，支气管镜检查有助于采集液体进行细胞学检查和培养。在高温、兴奋以及运动后，症状会加重。犬可能同时患有肺部疾病（例如慢性支气管炎、喉麻痹、支气管软化或肺炎）。治疗重点是通过止咳药、抗生素、皮质类固醇（联合或不联合支气管扩张剂）来控制临床症状，以及减轻体重、限制运动并减少兴奋和应激。
如果内科治疗失败，可考虑进行气管内支架植入术。支架可在荧光透视和/或内镜引导下放置。可以尝试手术放置气管外支撑环，但植入失败是其并发症之一。这两种治疗方法都不能完全消除临床症状，被视为“挽救性处置”手段。
