猪蛔虫是猪最常见的肠道线虫。成虫寄生于肠道内会降低饲料利用率、影响维生素 A 的吸收；严重感染时可导致猪消瘦。幼虫移行过程中还会引发肝脏和肺部的炎症。
隐孢子虫属于顶复门寄生虫，主要附着在 10 日龄及以上猪只的肠道黏膜上皮细胞。该虫可能导致猪小肠下段绒毛萎缩，但隐性感染较为常见。感染后可能出现吸收不良和腹泻症状。
艾美耳球虫在猪群中广泛存在，但该属很少引发明显的球虫病。幼龄生长猪如果感染严重，可能引发明显的小肠结肠炎。
红色猪圆线虫是散养猪中常见的胃内寄生虫。通常对猪危害较小。
猪囊等孢球虫是 6 日龄至 3 周龄仔猪球虫病的常见且重要病原体。感染会导致回肠和空肠出现坏死以及绒毛萎缩。受损肠道黏膜继发细菌感染的情况较为常见。该病死亡率通常为 20%-25%，许多患病仔猪会出现生长发育迟缓。诊断可通过直接对肠道黏膜进行涂片（吉姆萨染色），或对病变肠道组织进行组织学检查，观察到未成熟的球虫虫体即可确诊。成功的预防措施最常见的做法是对分娩设施进行彻底清洁，以减少卵囊的数量。清洁后，使用 50% 漂白剂进行彻底消毒会有较好效果。有时会在母猪分娩前 2 周饲喂抗球虫药，或对新生至 3 周龄的仔猪口服抗球虫药以预防感染。
食道口线虫属的成虫（结节虫）寄生在猪的大肠内，通常危害较小；然而，大量幼虫在肠壁内形成包囊引发严重感染时，可能导会导致动物消瘦。
兰氏类圆线虫（又称肠道线虫）幼虫可通过初乳传播给仔猪，或从母畜受污染的皮肤而感染。严重感染的仔猪在 10-14 日龄时会出现严重腹泻，且死亡率较高。诊断依据是对肠道黏膜刮取物直接进行显微镜检查。
猪毛首鞭形线虫（鞭虫）会侵入猪盲肠和结肠的黏膜，引发多灶性炎症。严重感染时可导致猪腹泻和消瘦。粪便呈血便，因此，严重的鞭虫感染在临床上可能与猪痢疾或增生性肠炎相混淆。诊断基于直接观察大肠内的鞭虫，或通过粪便漂浮法检测到虫卵。
