海洋哺乳动物放线菌
诺卡氏菌病在体弱的海洋哺乳动物中常有报道。已在多种圈养和野生海洋哺乳动物体内分离鉴定出多种诺卡氏菌属菌种。
疾病的表现方式多种多样，包括皮肤和皮下脓肿形成，或在各种器官中出现化脓性肉芽肿性疾病，亦可呈全身性表现。
诊断可能很困难，通常在动物因全身性疾病死亡后才确诊，不过细胞学或组织学评估可能显示抗酸性、分枝丝状菌体。
治疗也具有挑战性，治疗成功的可能性很大程度取决于感染的特征和早期诊断。由放线菌属或隐秘杆菌 (Arcanobacterium) 属引起的感染也已在许多海洋哺乳动物物种中确诊。海豹隐秘杆菌 (Arcanobacterium phocae) 已被证实与搁浅的加州海狮、普通海豚、灰海豹、港海豹、北象海豹和海獭的疾病有关。动物隐秘杆菌 (Arcanobacterium animalium) 已从港湾鼠海豚中分离出来。大多数病例是在死亡后诊断出来的，但感染可能存在漏报情况。
海洋哺乳动物布鲁氏菌病
自 20 世纪 90 年代以来，在许多国家的圈养和野生鳍足类及鲸类动物中发现了以前未知的布鲁氏菌 (Brucella) 菌株。目前已分类定名两个种：鲸布鲁氏菌 (Brucella ceti) （鲸类）和鳍足布鲁氏菌 (Brucella pinnipedialis) （海豹）。这两种菌表现出一定的宿主偏好性。病变分布和临床症状在不同宿主之间似乎也存在差异。
在鲸类动物中，与鲸布鲁氏菌相关的病理发现包括胎盘炎、睾丸炎、流产、乳腺炎、肺炎、皮下病变、骨髓炎、关节炎、脑膜脑炎、脑膜炎以及肝脏和脾脏坏死。相比之下，鳍足类动物中与布鲁氏菌相关的病理变化较少，但鳍足布鲁氏菌已与多种器官和疾病过程相关联。传播可能包括水平传播和垂直传播，并且由于已从肺线虫中分离出布鲁氏菌属细菌且其能在鱼类体内存活，摄入也可能是一种重要的传播途径。已有病例记录，海獭的一处创伤性不愈合伤口中检出了鲸布鲁氏菌。
这些细菌拥有与牲畜诊断中常用表面抗原完全一致的抗原组分。诊断通常通过培养、PCR 检测或免疫组织化学分析进行。
海洋哺乳动物布鲁氏菌病的流行率尚不清楚，但鉴于血清学调查已记录了几乎全球范围内的暴露情况，病例分布似乎很广泛。环境因素在海洋哺乳动物疾病出现中的作用尚不清楚。
治疗取决于感染的部位和程度。彻底消除感染可能非常困难，通常需要针对这种胞内病原体进行长期抗菌治疗；治疗过程中还可能会产生抗菌药物耐药性。
有一些证据表明该病存在人畜共患感染的潜力，并且在接触海洋哺乳动物组织的人群中已出现少数人类感染病例。在一个病例中，从一名实验室工作人员血液中培养分离出的菌株与她正在处理的海洋哺乳动物菌株相匹配。另外三例分离出海洋哺乳动物相关布鲁氏菌菌株的人类病例中，患者没有明确的海洋哺乳动物接触史，但有食用生贝类或鱼类以及接触生鱼饵的历史。
海洋哺乳动物梭菌性肌炎
由梭菌 (Clostridium) 属感染引起的严重肌炎已在圈养的虎鲸、领航鲸、宽吻海豚、加州海狮和海牛中确诊。所有海洋哺乳动物都可能易感。
疾病的特征是病变部位急性肿胀、肌肉坏死和受累组织中积气，并伴有严重的白细胞增多。梭菌也可定植于胃肠道中并引起肠毒血症。如果不治疗，可能是致命的。
诊断基于在病变抽吸物中检测到革兰氏阳性杆菌，并通过厌氧培养和病原体鉴定来确认。粪便中也可以检测到一些肠毒素。
治疗包括全身和局部抗菌治疗以及脓肿区域的手术引流。市售的灭活梭菌菌苗在一些机构中被常规使用，尽管其在海洋哺乳动物中的效力尚未得到研究。
在水禽发生地方性肉毒杆菌中毒爆发期间，圈养的加州海狮中曾有肉毒杆菌中毒的报道。患病动物在死亡前几天停止进食，并表现出吞咽困难。
海洋哺乳动物丹毒（菱形皮肤病）
宽吻海豚患丹毒（菱形皮肤病）的菱形皮肤病变。这些病变是丹毒的特征，需要进行治疗。
图片由 James McBain 博士提供。
丹毒可能是圈养鲸类和鳍足类动物的一种严重传染病，在野生港湾鼠海豚、宽吻海豚和港海豹中也已得到确认。猪红斑丹毒丝菌 (Erysipelothrix rhusiopathiae) 是引起猪和其他家畜丹毒的病原体，也是一种常见的污染物，可在鱼类的粘液层中持续存在。海洋哺乳动物中败血症型疾病可以是超急性或急性的；患病动物会突然死亡，死前要么没有任何前驱症状，要么突然出现精神沉郁、食欲不振或发热。引起典型菱形皮肤病变的皮肤型是该病的一种更慢性的形式。患有此型的动物通常通过及时的抗菌治疗可以康复。
在超急性病例中，尸检通常无法发现除广泛瘀点出血以外的肉眼可见病变。诊断基于从血液、脾脏或体腔中培养出该病原菌。死于慢性型的动物常并发关节炎。
超急性型和急性型病例极少有机会接受治疗，因为缺乏前驱症状导致难以及时确诊。患有皮肤型的动物通常通过使用青霉素、四环素或氯霉素以及支持疗法可以康复。
防控的关键在于提供储存和处理得当的高质量鱼类。疫苗接种目前存在争议，且可能发生免疫失效。目前尚无海洋哺乳动物专用疫苗，但多年来一直使用商业猪用疫苗进行接种，特别是在鲸类动物中。在用于海洋哺乳动物之前，应对小瓶装的灭活丹毒菌苗进行培养，以检查是否仍有活菌残留。首次接种应避免使用减毒活菌苗。再次接种时可能发生致命的过敏反应，不过现代猪用疫苗的此类风险已显著降低。因此，部分疫苗接种计划已简化为一次性接种，尽管抗体滴度会降至预期的有效水平以下。
如果鲸类动物需要再次接种，应通过在舌下表面粘膜下注射少量菌苗来进行过敏测试。过敏动物会在 30 分钟内注射部位出现肿胀和发红。由于该疫苗具有极强的刺激性，即使在非敏感哺乳动物中，单点注射量也不应超过 3~5 mL。应使用足够长的针头（≥5 cm，大型鲸类动物需更长），以确保疫苗注入肌肉而非肌肉与鲸脂之间，否则可能导致无菌性脓肿。菌苗应接种在背鳍前侧和侧面的背部肌肉中。在背鳍后侧接种可能导致严重的组织反应，累及关键运动肌群，导致动物数日内无法正常活动。维持高抗体滴度所需的最佳疫苗接种间隔尚不清楚；然而，通常首次免疫后 6 个月加强一次，之后每年免疫一次。
海洋哺乳动物钩端螺旋体病
钩端螺旋体病分布广泛，已在鳍足类动物和北极熊中确诊。
在鳍足类动物中，疾病的特征是精神沉郁、脱水、厌食、腹痛迹象、不愿移动、烦渴、发热、呕吐和黄疸。也可能发生粘膜组织和鳍边缘溃疡、胃肠炎和肺部疾病。它还可能导致加州海狮和北海狗流产及新生幼兽死亡。病变包括严重的弥漫性间质性肾炎，肾小管内有密集的螺旋体聚集。胆囊可能含有浓缩的黑色胆汁，但肝炎的肉眼病变可能不明显。组织学上可见枯否细胞增生、红细胞吞噬和含铁血黄素沉着。
可见提示肾脏疾病的血液检查变化，包括血清肌酐、BUN、磷和钠浓度升高，以及明显的白细胞增多。暗视野显微镜检查和细菌学培养通常无法获得阳性诊断结果。虽然 PCR 检测的作用日益凸显，但血清学检测仍然是目前最快速且应用最广泛的诊断技术。在许多物种（包括海獭和海牛）中已鉴定出针对各种钩端螺旋体Leptospira血清型的抗体（包括犬钩端螺旋体（L Canicola）、黄疸出血钩端螺旋体（L Icterohaemorrhagiae）、秋季钩端螺旋体（L Autumnalis）以及波摩那钩端螺旋体（L Pomona））。问号钩端螺旋体（Leptospira interrogans）波摩那血清型与野生的加州海狮的周期性流行病有关，导致高发病率和高死亡率。病例全年均可发生，但在夏末和秋季达到高峰，大多数病例发生在幼年和亚成体雄性个体中。
鳍足类动物的治疗与犬类相似，主要涉及支持疗法，特别是肠外补液疗法，通常可以皮下给药。圈养动物的防控需要在检疫期间对新动物进行血清学评估。在流行区域可以对圈养动物进行疫苗接种，并应采取措施控制啮齿动物种群。
钩端螺旋体病为人畜共患病，应采取适当的预防措施。
海洋哺乳动物链丝菌病（海豚假痘、皮肤嗜皮菌病）
链丝菌病是一种由刚果嗜皮菌（Dermatophilus congolensis）引起的皮下细菌感染，已在鳍足类动物和北极熊中报道。必须将其与海豹痘区分开来。在海狮中已有链丝菌病和痘病毒感染同时发生的记录。皮肤链丝菌病可导致北极熊出现严重的瘙痒性皮炎，通常表现为遍布全身的界限清晰的结节，并通常会进展至死亡。
诊断基于在活检组织或培养物中检出该病原体。
长疗程大剂量全身性抗菌药物治疗可能有效。
申克孢子丝菌（Sporothrix schenckii）是皮下真菌病的病因，已在太平洋白边海豚（Lagenorhynchus obliquidens）中报道。
海洋哺乳动物分枝杆菌病
海洋哺乳动物易感多种分枝杆菌。有证据表明，分枝杆菌病可能在澳大利亚沿海的野生海狮科物种中呈地方性流行。最初认为是由牛分枝杆菌（Mycobacterium bovis）引起，但随后的分子评估将来自南半球野生鳍足类动物的分离株归入结核分枝杆菌（M tuberculosis）复合群的一个独特分支，被定名为独立的物种。亚南极毛皮海狮（Arctocephalus tropicalis）被认为是鳍足分枝杆菌（M pinnipedii）传播给其他鳍足类物种的关键环节，因为它们与其他已知的易感物种：澳大利亚海狮（Neophoca cinerea）和新西兰毛皮海狮（Arctocephalus forsteri），共同生活在同一区域。除此之外，分枝杆菌病主要发生于圈养动物。鳍足类、鲸类和海牛类动物已出现由牛分枝杆菌（M bovis）、耻垢分枝杆菌（M smegmatis）、奇塔分枝杆菌（M chitae）、偶然分枝杆菌（M fortuitum）、龟分枝杆菌（M chelonae）和海分枝杆菌（M marinum）引起的疾病。临床可见皮肤型和全身型。有大量迹象表明，免疫抑制可能与非典型分枝杆菌感染的发展有关。
使用高浓度牛或禽纯化蛋白衍生物结核菌素进行皮内试验可用于筛查暴露动物；然而，由于存在无反应性（anergy），其有用性存在争议。在鳍足类动物中，后鳍蹼蹼间的注射应在 48 和 72 小时判读。已通过 ELISA 在海豹中鉴定出抗体，但在将其作为筛查手段之前需要进一步评估。确诊需通过对病变活检组织、气管冲洗液或粪便进行培养和病原体鉴定来完成。
鉴于该疾病的性质以及人畜共患和跨物种感染的潜力，治疗方案存在争议，但大多数鳍足分枝杆菌分离株对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇和吡嗪酰胺敏感。
海洋哺乳动物的分枝杆菌病是一种新发疾病，可能具有重要的公共卫生意义。（另请参阅 见 各种动物的结核病。）
海洋哺乳动物支原体病
多株支原体属（Mycoplasma spp）菌种已从鳍足类动物的牙齿、伤口和呼吸道中分离出来。支原体在历史上与呼吸道疾病有关，但也可能在健康动物中发现。支原体经常从同时感染呼吸道病毒的动物中培养出来，并且是“海豹指”的病原体，这是一种常见的通过咬伤从鳍足类动物传播给人类的人畜共患病。
海洋哺乳动物其他细菌性疾病
海洋哺乳动物可能易感所有致病性细菌。多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida）已导致多起出血性肠炎暴发，伴有精神沉郁和腹部不适，导致海豚和鳍足类动物急性死亡。据报道，它还引起鳍足类动物的肺炎，克雷伯菌（Klebsiella）属也是如此。在海豚中，溶血曼海姆菌（Mannheimia haemolytica）已被证实与出血性气管炎有关，该病对氯霉素治疗有反应。
志贺样邻单胞菌（Plesiomonas shigelloides）已发现可导致港海豹的胃肠炎。类鼻疽伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei）已在亚洲和南太平洋各地的圈养海洋哺乳动物中引起严重的致命性疾病暴发（类鼻疽），其临床表现与陆生动物相似，发病率和死亡率很高。沙门氏菌（Salmonella）属已导致海牛、白鲸和鳍足类动物的致命性胃肠炎，并经常从海洋哺乳动物的胃肠道中分离出来。葡萄球菌败血症导致了一只患有脊柱骨髓炎（化脓性脊椎炎）的海豚死亡。另一例由金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）引起的椎间盘骨髓炎病例，通过长期使用头孢唑林钠和头孢氨苄成功治疗；金黄色葡萄球菌也被证实与一例虎鲸的致命性肺炎有关，并且常从患有细菌性肺炎的鲸类和鳍足类动物中分离出来。弧菌（Vibrio）属会感染开放式海围中饲养的鲸类身上那些愈合缓慢的伤口，并且随着人为活动的增加以及慢性应激，可能导致海獭等近岸物种的感染更加频繁。
