通过清除动物储存宿主中的病原体或降低其流行率，偶尔可使人类免受人畜共患病威胁。在一些国家，针对生产动物或家禽疫病（如布鲁氏菌病、牛结核病或沙门氏菌病）的管控计划，极大减少了人类暴露。
其他针对动物的防护措施包括疫苗接种（如狂犬病）、临床病例治疗、定期筛查肠道寄生虫或其他病原体，以及其它疾病控制措施。节肢动物控制措施（如犬猫跳蚤与蜱虫防控计划）有时很有价值；但部分长期媒介控制计划（如针对生产动物疫病的某些计划）并不切实际或不可持续。少数疾病已有可供人类使用的疫苗。
食源性人畜共患病传播常可通过以下方式阻断：备餐时保持良好卫生、消除食物交叉污染、将所有动物源性食品（包括软体动物和蜗牛等无脊椎动物）烹煮至安全温度，以及食用前彻底清洗蔬菜。朊病毒无法经烹饪破坏；肉类检验和清除动物体内的病原仍是降低此类病原风险的唯一途径。
现代水处理工艺可消除大多数水源性人畜共患病。在无此类设施的地区，饮用水应煮沸、过滤或以其他方式处理以去除病原。应避免意外摄入湖水或溪水。随着肠出血性大肠杆菌（如大肠杆菌 O157:H7）等病原体增多，农业灌溉用水污染问题日益受到关注。在农田施用前将生产动物粪便堆肥等措施，可降低此来源的污染风险。然而，收获后消除污染的工序同样至关重要。
部分经环境感染的疾病为人类与动物共患（如土源性蠕虫病）。避免皮肤接触土壤的措施（如园艺时戴手套、避免吸入粉尘）有助预防。
接触看似健康的动物时，良好卫生习惯（包括洗手）是重要的预防措施。进食或任何其他手口接触前，洗手尤为关键。在集市、宠物动物园或其他公众可能接触动物的场所，应配备洗手设施，并劝阻在动物活动区内饮食。应密切看护 5 岁以下儿童：其免疫系统通常对病原体更易感，较难以遵守卫生防护措施，且更易发生舔食泥土等危险行为。已发布适用于各类场所的详细人畜共患病控制方案。
兽医医院的防护措施包括屏障防范（手套、防护外衣及其他适切的个人防护装备）、良好卫生、清洁消毒、感染性材料妥善规范处置，以及对确诊人畜共患病的动物使用隔离单元。
免疫低下人群的人畜共患病预防
为免疫低下畜主提供咨询时，必须在知晓人畜共患病风险与认可人宠纽带及陪伴的心理益处之间取得平衡。若此人选择饲养宠物，兽医可协助尽量安全地做出安排。讨论议题包括：喂食生肉、生鱼或生蛋的风险；预防犬只翻捡垃圾和食粪；跳蚤与蜱虫防控的重要性；放任猫犬捕猎的危险。
不应让宠物饮用非饮用水，包括湖水、溪水及马桶水。应定期修剪宠物爪甲以减少抓伤风险，并避免可能引发咬抓的粗暴玩耍。定期彻底清洁垫料与笼舍，防止碎屑堆积滋生微生物。
应建议畜主避免直接接触粪便，并在接触宠物时严格执行卫生措施。
猫砂盆应每日清理，最好由非免疫低下的家庭成员操作，以降低弓形虫病风险。同理，清洁水族箱存在暴露于海分枝杆菌 (Mycobacterium marinum) 的风险，最好由免疫功能健全者操作。
所有宠物均需定期就诊，并视情况周期性筛查肠道寄生虫或其他人畜共患病原体。出现腹泻或其他疾病的宠物应立即送检诊断。
任何新购入宠物均应由兽医检查，确认未携带肠道寄生虫、螨虫、皮肤癣菌或其他人畜共患病原体。相较于幼犬或幼猫，健康状况良好、无明显应激、来源清楚且近期未暴露于高病原浓度环境的成年犬猫更为适宜。
免疫力低下者应避免接触爬行类、雏鸡或雏鸭，这些动物均可排出沙门氏菌属。部分两栖动物和异宠哺乳动物携带沙门氏菌属的概率也较高。
尤须避免接触流浪动物、野生动物、非人灵长类，以及腹泻或患病的动物。也应谨慎远离集市、宠物动物园、农场、学校等场所的动物；若无法避开，需采取额外防范。
兽医在教育免疫力受损畜主了解人畜共患病风险及可采取的降低风险措施方面，扮演关键角色。标识和手册等宣教材料可促使畜主主动咨询。宣教材料还可警示孕妇弓形虫病及其他人畜共患病原风险，或提醒畜主：兽医可协助安全选宠，及在有儿童家庭中进行人畜共患病预防。还发布了关于医院及疗养院中使用的辅助治疗动物的人畜共患病预防指南。
关键点
针对动物宿主的预防措施因病而异，可包括疫苗接种、疾病根除计划、病原筛查（如肠道寄生虫）及疾病及时治疗。
媒介控制计划有助阻断部分疾病传播。
食品安全措施、卫生规范及安全饮水供应可降低食源性和水源性人畜共患病风险。
良好环境卫生与个人清洁可减低接触动物或其环境时的感染风险。
应告知免疫力低下个体常见人畜共患病风险，并使其了解适用的通用预防措施。
了解更多信息
美国疾病控制与预防中心 (CDC)
欧洲疾病预防控制中心 (ECDC)
联邦科学与工业研究组织 (CSIRO)
泛美卫生组织 (PAHO)
另请参阅有关人畜共患病预防的宠物健康内容。
