由于两栖动物独特的皮肤结构与生理特征，其新陈代谢与免疫功能高度依赖稳定的饲养环境。在饲养条件不佳的情况下，热带两栖动物极易发生感染性疾病与营养性疾病。维持正常代谢所需的温度范围被称为生理最适温区 (POTZ)，该范围因物种而异。通常情况下，两栖动物的 POTZ 低于爬行动物；其中有尾目物种偏好的温度显著低于无尾目物种。在布置饲养箱时，必须考虑使用冷水机或空调调控水温。在物种适宜的 POTZ 范围内设置温度梯度，可使大多数两栖动物实现体温的自我调节。
建议每天使用激光测温探针（测温设备可在五金店或宠物用品店购置）对饲养箱进行抽查。两栖动物需要充足的水分以防止脱水。水生两栖动物可饲养于水族箱内，并预留游泳活动区域；陆生两栖动物则需要在饲养箱内放置浅水盆。此外，也可通过在饲养箱内设置小型溪流、瀑布或使用超声波加湿器来增加湿度，或者使用喷壶频繁喷水。同时，使用保水性基质、设置隐蔽躲避处，可减少水分流失，维持微环境湿度稳定。
饲养用水必须洁净，且不得含有氯、氨、亚硝酸盐、杀虫剂、重金属等有害物质。自来水需装入容器，经活性炭循环过滤 ≥24 小时，完全除氯后方可使用。部分市政供水中可能含有氯胺，必须使用专用除氯剂（如硫代硫酸钠）破坏氯胺化学键，再配合活性炭过滤去除残留氯。外置桶式过滤器、底砂过滤器可维持饲养箱内溪流、瀑布、水池的水质清洁。
适宜的垫材包括砾石、土壤、泥炭藓、腐殖覆盖物。砾石需选择尺寸过大无法吞食、或尺寸极小可随粪便顺利排出的规格。土壤基质严禁含有杀菌剂等化学添加剂。建议将土壤加热至 93°C 并保持 30 分钟，以杀灭节肢动物（如恙螨）及蠕虫等寄生虫。未经处理的硬木覆盖物、落叶可作为垫材，但雪松和松木覆盖物含有毒性油脂，严禁使用。部分两栖动物无法耐受低 pH 值，接触泥炭藓、水苔后易引发皮肤刺激。将垫材置于 <0°C 条件下冷冻处理，可有效杀灭多数传染性病原体。
为预防疾病发生，必须保持充足的通风（每小时换气 1~2 次）。活体植物益处良多，不仅能净化空气、吸收土壤中的有机废物、过滤光线、增加湿度，还能提供隐蔽和栖息的场所。水生植物则能增加水体溶氧量、去除含氮废物、提供隐蔽环境，且常常可作为幼体两栖动物的食物来源。
尽管目前对紫外线在两栖动物体内的作用机制尚不完全清楚，但昼行性物种很可能需要利用紫外线 B（UVB，波长 280~320 nm）来促进钙质代谢及呈现真实体色。照明设备需搭配定时开关，模拟自然光照周期。对于夜行性物种或畏光物种，应提供弱光环境及充足躲避场所。UVB 灯管必须每 6~8 个月更换一次，或严格遵照制造商的说明进行更换。为避免产生过多热量，应使用荧光灯或 LED 灯，且光源距离箱内动物不应超过 18 英寸（约 45 厘米）。由于玻璃会削弱 UVB 的穿透效果，因此在布置光源时必须避免光线穿过玻璃。
可使用家用漂白剂（30 mL/L 水）对工具和饲养材料进行消毒。建议作用时间不少于 30 分钟，之后用清水彻底冲洗工具，最好在干燥后再投入使用。也可使用市售的动物用消毒剂。
长期饲养大多数两栖动物需要投喂活体饵料。尽管大多数成年陆生和水生两栖动物以无脊椎动物为食（包括蚯蚓、红虫、黑虫、白虫、水丝蚓、跳虫、果蝇、蝇蛆、面包虫和蟋蟀），部分两栖动物会捕食脊椎动物，需要投喂活体米诺鱼、孔雀鱼、金鱼或初生乳鼠/幼鼠。为防止营养性疾病，必须补充维生素和矿物质。通常可通过提前给昆虫饲喂高钙人工饲料（肠道营养强化），或使用含维生素 D3、钙的复合维生素粉对昆虫进行裹粉投喂（也称为裹粉法）。由于两栖动物无法自行合成类胡萝卜素，因此必须为其补充维生素 A 来源。
两栖动物的检疫隔离
检疫隔离作为一项预防医学措施，兽医应向饲主积极推荐。遗憾的是，检疫隔离往往被忽视，这极易导致疾病被引入现有的圈养种群中。隔离期的长短应基于对现有种群及动物来源的风险评估来确定，但通常 6-8 周的隔离期已较为充足。
对于在隔离期间死亡的两栖动物，兽医应进行剖检，并考虑进行组织病理学评估。在隔离期间，应安排定期的兽医巡诊，至少包含入舍隔离检查与出舍隔离检查两次完整检查。应重点考虑的常规诊断评估项目包括：粪便寄生虫学检查、水质检测、对变色或异常皮肤区域进行刮片检查、PCR 检测（如壶菌病、蛙病毒感染）、鳃组织活检，以及体型足够的个体可进行血液检查。兽医应鼓励饲主记录动物的采食量和行为表现。此外，定期监测体重也将很有帮助。
隔离饲养箱应易于清洁。对于大多数物种，使用湿润的纸巾作为垫材即可；对于树栖物种，可使用 PVC 管等塑料管材作为躲避处和栖息枝。应尽量减少对动物的打扰，以降低应激反应。饲主应为隔离动物配备独立清洁工具，在接触隔离动物与常规饲养动物之间，建议更换衣物。由于存在病原体污染的风险，在丢弃所有垫材和家具前，必须对其进行彻底的消杀处理。加湿器和喷壶必须每周进行消毒，以清除潜在的致病菌。
