多种球虫可感染猫和犬的肠道。所有种属均表现出严格的宿主特异性。猫可感染哈曼德球虫属 (Hammondia)、等孢球虫属 (Isospora)、贝诺孢子虫属 (Besnoitia)、弓形虫属 (Toxoplasma) 和肉孢子虫属 (Sarcocystis) 的球虫。犬可感染哈曼德球虫属、等孢球虫属和肉孢子虫属的球虫。猫和犬均不会感染艾美耳球虫 (Eimeria)。
尽管部分虫种分布广泛，但由此引发的临床疾病并不常见，且通常症状较轻。关于临床疾病的发生情况存在一定争议；当临床上明显出现该病时，需要排除其他病因，或考虑多种因素共同致病。
哈曼德球虫属各种具有专性双宿主生活史，猫或犬为终末宿主，啮齿动物或反刍动物为中间宿主。哈曼德球虫属的卵囊与弓形虫和贝诺孢子虫属的卵囊在形态上无法区分，但对这两种宿主均无致病性（另见 另见 贝诺孢子虫病 (Besnoitiosis)、 肉孢子虫病和 弓形体病）。
猫犬球虫病的病因与发病机制
猫和狗最常见的球虫是等孢球虫属虫种。感染猫的有两种：猫等孢球虫 (I felis ) 和芮氏等孢球虫 (I rivolta)；两者均可通过卵囊的大小和形状实现鉴别。
感染犬的有四种：伯氏等孢球虫 (I burrowsi)、犬等孢球虫 (I canis)、新芮氏等孢球虫 (I neorivolta)、俄亥俄等孢球虫 (I ohioensis)。在犬中，只有犬等孢球虫可通过卵囊结构进行鉴定；其余三种等孢球虫属虫种在尺寸上存在重叠，只能通过内源性发育特征加以区分。
当出现临床球虫病时，通常与混合感染、免疫抑制或应激有关。
在犬中，排卵囊前潜隐期约为 3 周。猫犬的大多数感染呈直接生活史，即摄入粪便中已具有感染性的卵囊。在温暖、潮湿且富氧的条件下，卵囊最快 6 小时完成孢子化，通常需要 7～10 天。等孢球虫属虫种可在短时间内产生海量卵囊。
等孢球虫还存在间接生活史，特别是猫犬体内的等孢球虫属各种，可兼性感染其他哺乳动物，甚至可侵入终末宿主自身组织，并形成包囊型虫体（囊殖子），后续可被激活再次感染猫或犬。因此，在小鼠和大鼠等转续宿主的淋巴结和腹腔内脏器中存在猫等孢球虫的囊殖子，猫捕食后，感染性虫体在猫肠道内释放。在处于应激状态的幼猫或免疫抑制的猫体内，组织中囊殖子的重新激活可能是导致这些特定宿主发病的重要原因。但一般认为，该途径仅用于虫体维持生活史，多数情况下不足以单独致病。
关于该虫种的致病性存在一定争议。导致肠道损伤的重度感染会引起营养物质吸收不良、体液和电解质流失，且部分等孢球虫属虫种还会导致出血。粪便中大量排卵囊常伴随临床症状，幼猫尤为明显。
猫犬球虫病的流行病学
球虫病在幼猫或幼犬中并不常见。本病通常发生于种群密度高且存在潜在污染环境的设施中的幼龄动物。在繁育猫舍、寄养猫舍及犬舍中，该病可能会成为突出问题。
几乎每只猫最终都会感染猫等孢球虫。在犬中，主要受感染的是幼犬。大多数猫和犬在幼龄期发生感染；临床病例多见于幼猫和幼犬（4～12 周龄），极少数见于体质虚弱或免疫缺陷的成年犬。幼猫主要在断奶应激期间发病。幼犬通常在感染后约 2 周出现临床症状。接触卵囊后机体可产生良好免疫力，猫的免疫保护效果尤为突出。
猫犬球虫病的临床表现
猫和狗的大多数感染无临床症状。最突出的临床症状是多只动物出现腹泻。急性病例通常伴有一定程度的腹泻。在感染猫等孢球虫和芮氏等孢球虫的严重病例幼猫中，会出现腹泻（黏液状或水样）；偶尔在后期，幼猫会出现血便，并可能伴有厌食、脱水、腹部不适和体重减轻。极少数情况下，会出现贫血、呼吸道症状和神经症状。在卵囊排出量极高的严重感染幼犬中，也会出现相关症状。犬等孢球虫和俄亥俄等孢球虫均可能引起血便和生长不良。伯氏等孢球虫 (Isospora burrowsi) 可能不会引起临床疾病。新芮氏等孢球虫偶尔会引起腹泻。
死后病变
在感染猫等孢球虫的猫中，病变多见于小肠与盲肠，但病变程度轻微。组织学检查显示，猫的黏膜表面和隐窝的上皮细胞内存在无性发育阶段虫体。芮氏等孢球虫的感染发生于小肠。在组织学上，虫体无性和有性发育阶段可同时发生在小肠表面和隐窝上皮细胞内。在感染犬等孢球虫的狗中，感染主要位于小肠后段。对于伯氏等孢球虫，所有虫体发育阶段均发生于小肠后段。
对于新芮氏等孢球虫，虫体无性阶段发生于小肠后半段，有性阶段发生于回肠和盲肠。对于俄亥俄等孢球虫，最初虫体无性和有性阶段存在于小肠后半段，随后蔓延至回肠、盲肠和结肠。在重度感染中，空肠表面会出现发红和黏液分泌增多。组织学检查显示，犬等孢球虫的各个发育阶段发生于上皮下层，当寄生虫从该位置钻出时会引起出血。此外，在严重感染中，会出现绒毛萎缩和黏液过度分泌。对于伯氏等孢球虫，各发育阶段见于上皮尖端和固有层。对于新芮氏等孢球虫，虫体无性阶段位于靠近绒毛尖端的固有层，配子体发生于固有层和表面黏膜上皮。对于俄亥俄等孢球虫，虫体各个发育阶段可能出现在小肠绒毛尖端的上皮细胞中。在回肠、盲肠和结肠中，整个绒毛和隐窝的内衬细胞均可被侵袭，导致隐窝发炎、绒毛尖端脱落、上皮细胞变平以及绒毛萎缩。
诊断
通过粪便漂浮法（饱和盐水或蔗糖溶液）检查粪便样本中的卵囊。应进行虫种鉴定，在幼犬中，这可能需要使用重铬酸钾对卵囊进行人工孢子化处理后方可鉴别。
鉴别诊断包括细菌感染（弯曲杆菌 [Campylobacter] 属、梭菌 [Clostridium] 属、大肠杆菌 [Escherichia coli]、沙门氏菌 [Salmonella] 属等），可通过培养进行检测。对于病毒（冠状病毒、细小病毒、轮状病毒等），通常使用粪便检测或血液检测。通过粪便检查隐孢子虫卵囊来检测隐孢子虫病。粪便中也可能发现蠕虫卵；但在球虫病易发的年龄段，蠕虫一般不易引发腹泻。
治疗
在几乎所有幼猫和幼犬中感染会自行消除，因此无需治疗。患病动物需保持环境温暖，防止脱水。在这种情况下，如果动物脱水，可能需要支持性液体疗法和营养支持。所有产房和保育圈舍必须保持极度清洁。
在大多数国家/地区，尚无获批的特定治疗药物。
对于出现临床症状的患畜，可使用复方甲氧苄啶-磺胺类药物（30～60 mg/kg/天，连用 6 天；小型犬剂量减半）。在严重病例中，可使用磺胺类药物，如磺胺二甲氧嗪（第 1 天 50 mg/kg，随后 25 mg/kg/天，连用 1～3 周；或 50 mg/kg 直至临床症状消退后 2～3 天）。这些药物在美国已获批，但在许多其他国家/地区未获批。偶尔有药物中毒的报道。
三嗪类抗原虫药（包括地克珠利和妥曲珠利）可能有效。虽然极少用于犬，但据报道，地克珠利（5 mg/kg，口服，单次）对猫有效。据报道，泊那珠利（20～50 mg/kg，口服，连用 2～5 天）可用于猫和犬，但在大多数国家/地区未获批。
猫犬球虫病的控制与预防
产猫、产犬区域必须严格落实卫生管理。如果此前发生过感染，对妊娠晚期的猫进行预防性粪便检查会有所帮助。环境卫生非常重要，尤其是在猫舍、犬舍或饲养大量动物的场所。应定期清理粪便。防止饲料和饮水被粪便污染。运动场、笼舍和用具应每天消毒。不应喂食生肉。应建立昆虫防治措施。必须进行有效的灭鼠。
感染性卵囊在环境中可存活数月，且对大多数常用消毒剂具有抵抗力。含氯消毒剂有效（需测试确认其对表面是否腐蚀性过强）。部分氨类消毒剂可杀灭卵囊，但不能在有动物在场时使用。蒸汽清洗效果可靠。彻底清洁后，建议空置休整一段时间后再重新使用。通常不需要预防性用药。然而，在猫舍或犬舍环境中，可使用预防性药物。氨丙啉虽未获批，但常作为灌服药物用于幼犬，通常会添加调味剂以掩盖味道。据报道该药物有效。三嗪类抗原虫药（地克珠利和妥曲珠利）已在猫舍、犬舍（尤其是收容所）中通过口服给药得到使用，但这属于超说明书用药。
