与人类一样，马也可能对各种物质过敏，包括空气中的植物颗粒及其他物质（称为吸入性过敏性皮炎或特应性皮炎），以及食物中的物质。这些物质被称为过敏原。过敏原是指通过吸入或经皮肤、呼吸道或胃肠道吸收后，可刺激组胺释放并引发炎症反应的物质。药物或疫苗接种也可引发过敏反应。
空气源性过敏
马匹通常生活在空气中含有大量灰尘、霉菌或其他常见过敏原的环境中。正常情况下马的免疫系统可提供有效防护，但有些马的免疫系统会对一种或多种空气中的过敏原产生过度反应。空气传播的过敏原可对皮肤产生不良影响。与吸入过敏原相关的最常见皮肤问题包括荨麻疹和皮疹。然而，瘙痒也是对干草粉尘、霉菌、霉斑、花粉和尘螨等物质常见的过敏反应。
一旦确诊为过敏，治疗通常包括尽可能避免接触过敏原，并使用皮质类固醇来控制炎症反应。如果马对环境中的灰尘过敏，可考虑让其待在室外，而不是饲养在马厩内。给马饲喂粉尘较少的日粮也可能有所帮助。相反，如果马患有季节性花粉过敏，在花粉高发的月份可将其安置在室内饲养。
部分地区还提供过敏检测服务。过敏检测可帮助兽医或兽医皮肤科医生确定导致马过敏的具体过敏原，并在适当情况下配制过敏疫苗。
食物过敏
马也可能发生食物过敏，但已有报道的病例较为罕见。例如，有报告称某些类型的谷物或干草会导致马出现荨麻疹。在某些情况下，食物过敏与高蛋白浓缩饲料有关。
排查食物过敏的常规方案，从饲喂排除性试验日粮开始。给马匹饲喂的日粮中，完全剔除此前投喂过的所有食物成分，包括各类营养补充剂。对于一直放牧的马，日粮调整还可能包括更换牧场或停止放牧、隔离饲养。饲喂排除性试验通常持续最长 3 个月。如果在此期间过敏体征有所改善或消失，则很可能属于食物过敏。为了确认食物过敏，应将先前饲喂过的各种食物逐一重新加入日粮中。如果摄入某种特定食物后体征再次出现，那么该食物很可能就是过敏原。再次将可疑食物从日粮中完全剔除。如果体征消失（通常在 14 天内），通常即可确诊为食物过敏。
一旦确定致敏食物，控制食物过敏的方法就是严格避免饲喂该食物。并发疾病可能会使潜在食物过敏的排查确诊变得复杂。在极少数情况下，马匹随着年龄增长会对新的食物过敏原产生反应。
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