真菌病在世界各地的海洋哺乳动物中均有发现，圈养的海洋哺乳动物似乎特别容易受到真菌感染。鲸类动物缺乏鼻甲骨，这可能使真菌成分更容易进入肺系统。大多数感染似乎继发于应激、环境条件不佳或并发的传染病。一些全身性真菌病具有明显的地理分布，许多真菌在这些环境中普遍存在。
诊断基于临床症状，并通过细胞学评估、活检或最好是培养来鉴定病原体进行确认。血清学检测在某些感染中可能有用。乳酚棉蓝湿片制备可能对某些形态独特的真菌做出快速诊断。可以观察用温热的 10% 氢氧化钾处理后的组织涂片，以检查并鉴定特征性的子实体或菌丝。
对鳍足类动物的皮肤真菌病进行局部用药是可行的。较小的鲸类动物可以被放在吊带中离开水面 2-24 小时，前提是身体未被治疗的区域保持湿润；然而，由于对动物可能造成不适，并非理想方案。除此之外，使用全身性治疗，包括经口给药和静脉内途径，以及肺部病例的雾化治疗。
海洋哺乳动物曲霉病
致命性肺曲霉病已在几种鲸类动物中被诊断出，包括宽吻海豚和虎鲸，以及几种鳍足类动物，包括南极毛皮海狮（Arctocephalus gazella）、港海豹和加州海狮。除了播散性曲霉病外，还有关于野生的港湾鼠海豚内耳曲霉瘤的病例报告，并且在合并分枝杆菌病的灰海豹（Halichoerus grypus）中也观察到了皮肤曲霉病。
呼吸道形式通常在尸检时被诊断出来；然而，通过对鲸类动物呼吸道样本进行定期监测，提高了警惕性，从而实现了更早的诊断和治疗。
随着对运输等应激情况的预期，预防性抗真菌药物的使用也有所增加。由于诊断相关的治疗延迟、真菌病原体的侵袭性以及难以平衡安全有效的剂量范围，成功治疗仍然很困难。三唑类和棘白菌素类等抗真菌药物的联合使用可能提高成功率。皮肤病变对局部聚维酮碘联合酮康唑治疗（10 mg/kg, PO，每 24 小时一次）有反应。
海洋哺乳动物念珠菌病
宽吻海豚舌念珠菌病。这种疾病通常在粘膜组织上出现白色斑块。
图片由 James McBain 博士提供。
飞旋海豚念珠菌病。喷气孔周围有苍白的隆起病变。
图片由 Louise Bauck 博士提供。
念珠菌属（Candida spp）通常是动物正常菌群的一部分，这使得实际念珠菌病的诊断更具挑战性。这种圈养鲸类动物常见的真菌病继发于应激、水体氯消毒不当或滥用或长期使用抗菌药物。念珠菌病在鳍足类动物中也有报道，并已在野生鲸类动物的喷气孔和胃部培养物中发现。在鲸类动物的临床疾病中，病变通常出现在身体孔口周围。通过内镜检查或尸检，经常发现食管溃疡，特别是在胃食管连接处区域。在海豹科动物中，粘膜皮肤连接处的炎症——特别是在嘴角、眼睛、肛门和外阴周围——很常见，在胃肠道中也可能观察到。
诊断基于培养、细胞学评估或活检中酵母菌的鉴定。早期发现和治疗通常是成功的。念珠菌病通常对酮康唑、伊曲康唑和棘白菌素类药物反应良好；制霉菌素通常对口腔和胃肠道疾病是安全有效的。任何环境缺陷都应予以纠正。可以适当补充泼尼松龙（0.01 mg/kg, PO，每 24 小时一次），以补偿酮康唑对糖皮质激素产生的抑制作用。有非正式报道提示，北象海豹 (Mirounga angustirostris)可能对酮康唑产生毒性反应。
海洋哺乳动物隐球菌病
另一种机会性酵母菌，隐球菌属（Cryptococcus spp），在太平洋西北地区搁浅的海洋哺乳动物中被诊断出的频率越来越高。病原体通常经吸入感染，在重新激活前可能处于休眠状态，尤其是在肺部和淋巴结中。新型隐球菌 (Cryptococcus neoformans) 也被诊断为导致一只宽吻海豚发生致命性晚期肺部疾病的病原。对该海豚使用常规哺乳动物剂量伊曲康唑进行为期 120 天的治疗，尽管血清药物浓度高于建议的治疗范围，仍无效。
海洋哺乳动物皮肤真菌病
由毛癣菌属（Trichophyton spp）或犬小孢子菌（Microsporum canis）引起的真菌性皮炎，此前对局部使用聚维酮碘、经口给药灰黄霉素或两者联用反应良好。最近，采用长期（约 65 天）局部外用恩康唑联合经口给药特比萘芬已成功用于治疗几只海狮的皮肤真菌病。
海洋哺乳动物副球孢子菌病（洛博真菌病、拉卡兹菌病）
一只大西洋宽吻海豚患有由巴西副球孢子菌鲸亚种（Paracoccidioides brasiliensisceti，原名Loboa loboi）引起的副球孢子菌病（洛博真菌病）。病变通常为白色至灰色隆起、瘢痕疙瘩样病变，伴有结节和斑块。
图片由 James McBain 博士提供。
这种毁容性皮肤病是由海豚感染巴西副球孢子菌鲸亚种（Paracoccidioides brasiliensisceti ）（原名Lacazia loboi）引起的。该病仅在人类、大西洋宽吻海豚以及中美洲和南美洲的海豚中被报道过。
目前尚未成功培养出该病原体，诊断基于组织病理学检查结果。鉴别诊断包括孢子丝菌病、着色真菌病以及其他以广泛肉芽肿形成为特征的真菌病。
目前已采用手术切除和全身性抗真菌药物治疗，但效果不一。
在欧洲一例接触过受感染海豚的饲养员病例中，强烈怀疑存在人畜共患传播。大多数人类病例没有接触过海洋哺乳动物的病史。
海洋哺乳动物全身性真菌病
海洋哺乳动物的全身性真菌病具有人畜共患风险，在处理死亡和患病动物时应采取预防措施以防止感染。囊丝担菌目真菌 (Cystofilobasidiales) 已导致一只加州海狮发生致命性疾病。芽生菌病 (Blastomycosis) 已导致宽吻海豚、加州海狮、一只北海狮(Eumetopias jubatus)、北海狗和北极熊发生致命性疾病。已有关于一只圈养竖琴海豹(Pagophilus groenlandicus)、一只宽吻海豚和一只太平洋白边海豚发生致命性全身性组织胞浆菌病 (histoplasmosis) 的报道。在宽吻海豚、加州海狮和海獭中发现了球孢子菌病 (Coccidioidomycosis)。在海獭和海狮中发现的病例数量正在增加。
芽生菌病已通过强化管理成功治疗，包括伊曲康唑（3.5 mg/kg, PO，每 24 小时一次，持续 70 天），并在必要时结合抗菌和支持性治疗。
海洋哺乳动物接合菌病
接合菌病 (Zygomycosis)（或毛霉菌病 (mucormycosis)）由多种丝状真菌引起，包括毛霉菌属 (Mucor)、根霉菌属 (Rhizopus)、小克银汉霉属 (Cunninghamella)、囊托霉属 (Apophysomyces) 、镰刀菌属 (Fusarium)等，在圈养海洋哺乳动物中越来越常见。据报道，由各种镰刀菌属引起的皮肤病见于小抹香鲸(Kogia breviceps)、大西洋白边海豚(Laegenorhynchus acutus)、港海豹、灰海豹、加州海狮和北象海豹。毛霉目真菌已导致宽吻海豚、港湾鼠海豚和竖琴海豹发生致命性疾病。其他接合菌已被诊断为导致各种海洋哺乳动物发生致命性播散性疾病的原因。这些感染通常被认为是易发生于虚弱动物的疾病；如果治疗要成功，必须纠正导致宿主对这些机会性感染抵抗力低下的根本原因。
诊断基于活检样本的培养或病原体鉴定。
病例对酮康唑（5 mg/kg, PO，每 24 小时一次，持续 10 天）、氟康唑（0.5 mg/kg, PO，每 12 小时一次，持续 21 天）或伊曲康唑（1 mg/kg, PO，每 24 小时一次，持续 120天）有反应。局部镰刀菌病已在圈养白鲸(Delphinapterus leucas)中通过手术清创后使用伏立康唑成功治疗。
两性霉素 B 一直是治疗接合菌感染的首选药物，但较新的咪唑类药物（如泊沙康唑）尽管实验室检测显示耐药，但在临床上可能有效。联合疗法也可能更有效。
